PaulПрямо в яблочко!
Использовать Xtreme tuner для Nvidia (он не умеет работать с красными вообще) и родной Radeon software для красных (он, в свою очередь, не работает с Нвидиа).
Еще можно разгонять карты с помощью аргументов майнеров. Они точно не будут раскидывать настройки на другие карты.